Uma auditoria do Tribunal de Contas da União (TCU) em 110 Instituições Federais de Ensino Superior (IFES) revelou que as universidades têm pouca influência na elaboração dos orçamentos anuais. O modelo atual permite que o Ministério da Economia determine os recursos financeiros para o Ministério da Educação (MEC), que, por sua vez, define os limites de gastos para as IFES, levando as instituições a se adaptarem aos valores recebidos.
Entre 2011 e 2021, o TCU observou uma redução significativa nas despesas discricionárias das IFES, o que pode impactar a oferta de educação profissional e tecnológica, além de comprometer atividades de pesquisa e extensão. Em 2021, as universidades federais registraram a menor dotação para custeio e investimento desde 2011, totalizando R$ 7,25 bilhões, em contraste com os R$ 16,49 bilhões de 2015.
A auditoria também analisou o uso de emendas parlamentares, que em 2021 totalizaram cerca de R$ 33 bilhões, representando 17% do Orçamento Geral da União para despesas discricionárias. A distribuição desigual dos recursos entre as IFES e a variação nos valores recebidos foram destacadas, com o TCU alertando que a dispersão de emendas pode aumentar os custos operacionais do MEC.
Além disso, a auditoria ressaltou que as liberações orçamentárias não ocorrem de forma regular, o que pode dificultar a execução de despesas mensais, como contas de energia e pagamentos a terceirizados. O impacto da Emenda Constitucional 95/2016 também foi analisado, com o TCU afirmando que as medidas para se adequar aos limites fiscais têm gerado efeitos adversos na educação superior e profissional.