Após o lançamento de Sonic X Shadow Generations para PC, a comunidade de jogadores começou a criar diversos mods. Essas modificações incluem novas skins e até trocas de personagens, como a troca de Maria por Mario, resultado de um erro de digitação que gerou risadas entre os fãs.
Um dos mods mais interessantes é o "Angry Kirb", que substitui Shadow por Kirby, utilizando um modelo de Super Smash Bros. Wii U Edition. Os jogadores enfrentam desafios cósmicos enquanto controlam Kirby em sua versão zangada, conhecida por derrotar forças malignas.
Outro mod que chamou atenção é o de Rayman, que permite aos fãs do mascote da Ubisoft jogarem com ele em vez de Shadow, apresentando um modelo 3D baseado em sua recente participação em Mario + Rabbids Sparks of Hope.
Para ajudar na exploração, um mod marca baús não abertos no mapa, embora não mostre as "Machine Parts" essenciais para a construção do foguete. Além disso, o mod "Vegeta Generations" traz o príncipe dos Sayajins ao jogo, permitindo que os jogadores experimentem suas transformações, enquanto Klonoa também retorna com um modelo adaptado de seus jogos clássicos.
Esses mods adicionam uma nova camada de diversão ao jogo, permitindo experiências únicas.
