Wagner Moura viveu um romance explosivo com a autora polêmica da Globo, Manuela Dias, antes de ambos se tornarem famosos. O casal se conheceu na Universidade Federal da Bahia, onde ambos cursavam comunicação social, no final dos anos 1990.
A relação entre Wagner e Manuela surgiu durante a graduação e, embora intensa, não se solidificou. Em uma entrevista à 'GQ', Manuela recordou:
“'Wag' é um desses amores que levamos para sempre, transmutado. Lembro até hoje da primeira vez que o vi: ele usava uma calça de alfaiataria feita por sua mãe, Piu Piu, e sapatos de camurça de amarrar. Existia algo em seu olhar que me capturou para sempre.”
Manuela também revelou sua impressionante reação ao ver Wagner em cena pela primeira vez, descrevendo-o como um artista com um futuro brilhante:
“Quando o vi em cena pela primeira vez, em uma peça dirigida por Zé Possi Neto, tive certeza de que um foguete estava decolando, um vulcão entrara em erupção.”
Após o término do relacionamento, Wagner Moura começou a namorar e posteriormente se casou com Sandra Delgado, em 2001. Desde então, o casal tem três filhos juntos: Bem, Salvador e José.